Designing allele-specific PCR primers
The graduate student had identified point mutations that caused amino acid substitutions at three sites considered particularly important in acetylcholinesterase. I therefore reasoned that, by appropriately designing allele-specific PCR primers to detect these point mutations in other strains and individuals, it would be possible to analyze population-level variation in acetylcholinesterase mutations contributing to organophosphate resistance without incurring substantial costs. Ideally, with sufficient research funding, I could have determined the entire DNA sequence of acetylcholinesterase. However, as a part-time researcher in a dependent position, this was financially unfeasible. Under these constraints, the use of allele-specific PCR represented a pragmatic—indeed, somewhat desperate—alternative.
(translated version of the post on November 02, 2021)
対立遺伝子特異的PCRプライマーの設計
アセチルコリンエステラーゼのなかで特に重要とされていた3つのアミノ酸サイトにおいて、アミノ酸置換をひきおこす点突然変異を、大学院生が検出していたので、他の系統や個体において、これらの点突然変異を検出できるように、対立遺伝子特異的PCR用のプライマーを適切に設計することができれば、とりあえずは、あまりコストをかけることなく、集団に存在している有機リン剤抵抗性に寄与しているアセチルコリンエステラーゼの変異の解析が可能になるだろうと考えました。自由にできる研究費が潤沢にあれば、アセチルコリンエステラーゼのすべての塩基配列を決定するといった方法も取ることができたのでしょうが、居候の身ではそうも言ってはいられないので、いわば苦肉の策というわけです。
(2021年11月2日のポストを再掲）