The PCR textbook I had sent for was Kaitei PCR Jikken Nōto: Mirumiru Fuyasu Kotsu to PCR Sanbutsu no Tasai na Katsuyōhō (“Revised PCR Experiment Notes: Tips for Rapid Amplification and Diverse Uses of PCR Products”), from the Muteki no Biotechnical Series, edited by Taketoshi Taniguchi (2nd ed., Yōdosha, 2005). Although I had never worked directly with genes or performed PCR before, I found this book extremely helpful. Although I had never actually performed PCR before, I was able to study it by mentally simulating the experimental process. Even before conducting the experiment, I could anticipate some of the problems that might arise, and when difficulties did occur during the PCR experiments, I was able to proceed without becoming overly discouraged. For example, at the laboratory where I was working in Tsukuba, we designed our own primers but had them synthesized by an external company. However, on some occasions, the primers I received appeared to be of insufficient purity, and considerable background noise or non-specific amplification was observed. The textbook that had been sent to me in Edinburgh explained that non-specific PCR amplification could be suppressed by setting the reaction conditions with careful consideration of the extension rate of DNA polymerase. Therefore, I estimated the appropriate extension time by working backward from the expected length of the PCR product and explored conditions that would minimize background noise. Optimizing PCR conditions was a fascinating process, almost like solving a puzzle, and I became completely absorbed in the work. Some background noise was unavoidable, but I believe I was able to establish conditions where it did not interfere with clear discrimination of the results.
(translated version of the post on November 03, 2021)
このとき送ってもらったPCR法のテキストは、無敵のバイオテクニカルシリーズ『改訂 PCR実験ノート みるみる増やすコツとPCR産物の多彩な活用法』、（谷口武利編、2005年第2版、羊土社）です。これまで遺伝子を扱ったことがなく、PCRなどやったことがなかった自分でしたが、この本がとても役に立ったと思います。実際にPCRなどやったことはなかったのですが、頭の中で実際に実験を行っているかのような感覚で勉強することができました。実験を行う前から、ある程度のトラブルについても想定することができ、実際にPCR実験のなかで困難にぶちあたっても、それほど動揺することなく実験を進めることができたと思います。例えば、当時筑波でお世話になっていた研究室では、プライマーの設計は自分たちでやっていましたが、自分たちで設計したあとは、実際には外部の業者にプライマーの作製を委託していました。しかし、私が依頼して作製したもらったプライマーの純度があまり良くなかったようで、結構いろいろなノイズが出てきてしまったことがありました。このエジンバラに送ってもらったテキストのなかで、1分間に伸長する塩基の長さを考えに入れて条件を設定すると、非特異的なPCR反応を抑えることができるとあったので、想定されたPCR産物の長さから逆算してエクステンションの時間を設定したりして、実際にあまりノイズが出てこないような条件を探っていきました。この最適なPCRのための条件をつきとめていくプロセスが、パズルを解いているかのように面白くて、結構夢中になって実験をしていました。多少ノイズがでてしまっていたかもしれませんが、まあまあ判別には支障がない程度まで抑えることができる実験条件を探しあてることができたと思います。
(2021年11月3日のポストを再掲）