Genetic variation within the Katsunuma population of Drosophila melanogaster
The graduate student’s analysis of acetylcholinesterase sequences from resistant and susceptible strains of Drosophila melanogaster revealed that the natural population in Katsunuma carried amino acid substitution mutations at three sites previously identified as critical for organophosphate resistance. Based on these findings, I designed primers for allele-specific PCR to detect point mutations at three critical amino acid sites in a simple and cost-effective way, and I devoted the next several months to optimizing the PCR conditions. I used an additional resistant strain to test whether these point mutations could be reliably detected using allele-specific PCR, and I eventually reached the point where I felt confident that resistance-associated mutations could be identified relatively easily. I therefore decided to proceed to the next stage of my research by applying this allele-specific PCR approach in practice.
(translated version of the post on November 04, 2021)
キイロショウジョウバエ勝沼集団の変異
大学院生が行った抵抗性系統と感受性系統のアセチルコリンエステラーゼの塩基配列の分析から、勝沼のキイロショウジョウバエ自然集団には、有機リン剤抵抗性に寄与すると報告されているアミノ酸置換突然変異が、重要とされていた3つのアミノ酸サイトで起こっていることが明らかにされました。この知見に基づいて、この特異的な3つのアミノ酸サイトそれぞれにおける変異の有無を、できるだけコストをかけずに簡便に判別するための、対立遺伝子特異的PCRに用いるプライマーを設計し、PCRの条件設定をこれまでの数か月の間行ってきました。この対立遺伝子特異的PCRのテクニックを使って、実際にこれらの点突然変異を検出できるかどうかを、他の抵抗性系統を用いて検討し、抵抗性型の点突然変異をなんとか簡便に検出できそうだという段階に至ったので、実際に用いることができるテクニックとして、この対立遺伝子特異的PCR法を実際に用いて、次の研究のステージに進むことにしました。
(2021年11月4日のポストを再掲）