Contribution of point mutations to organophosphate resistance
Of course, I had to consider the possibility that resistance genes other than acetylcholinesterase were present in the population (indeed, the Katsunuma population also possessed a resistance factor on the second chromosome). Furthermore, it was possible that point mutations at amino acid sites in acetylcholinesterase that had not yet been analyzed should not be overlooked. Therefore, even though I was exploring genetic variation for organophosphate resistance in only a single population of D. melanogaster, namely the Katsunuma population, there was still much to investigate. However, I decided initially to examine the genetic variation associated with these three amino acid sites as the minimum set of variation underlying organophosphate resistance in the Katsunuma natural population. I then intended to explore mutations at other sites and other gene loci once additional research funding became available. This was because the professor who had supervised me during my graduate studies had only one year remaining before his retirement and had appointed me as a part-time postdoctoral researcher. However, by that time, I had already spent several months conducting experiments. Realizing that I would not have sufficient time to undertake any large-scale projects, I decided to concentrate on what could be accomplished within the remaining months. I decided to postpone expensive large-scale projects, such as sequencing, until I had secured my own research funding and instead adopted a strategy of collecting basic data in preparation for future large-scale experiments. As part of this effort, I used the remaining several months to confirm the results of the PCR analyses I had conducted by repeating the same assays with the same samples in order to estimate the rate of incorrect genotyping decisions (error rates). This process also allowed me to improve the reliability of my PCR results as research data.
(translated version of the post on November 08, 2021)
点突然変異の有機リン剤抵抗性への寄与
もちろん、アセチルコリンエステラーゼ以外の抵抗性遺伝子が集団中に存在している場合も考慮しなければならないでしょうし（実際、勝沼集団には第2染色体上にも抵抗性因子が存在しています）、また、アセチルコリンエステラーゼにおける、まだ分析していないアミノ酸サイトにおける変異も、恐らく見過ごすことはできない可能性があるので、勝沼集団というキイロショウジョウバエのたった1つの集団における有機リン剤抵抗性の遺伝的変異だけとはいえども、まだまだ検討しなければならないことはいくらでもありますが、少なくともこれら3つのアミノ酸サイトから産み出される遺伝的変異については、勝沼の自然集団において形成される有機リン剤抵抗性のミニマムな変異として、とりあえず検討を行い、例えば、研究費を自由にできるようになった後で、他のサイトや他の遺伝子座位における変異を探っていこうというつもりで研究を進めていくことにしました。といいますのは、大学院時代に指導教官としてお世話になっていた教授が、定年まであと1年というところで非常勤の博士研究員として私のことを拾ってくださったのですが、私自身ここまでの実験ですでに数か月を費やしてしまっていたので、これからそれほど大掛かりな実験をすることができないと判断し、あと数か月の間でできることを行おうと考えたためです。シークエンシングのようなお金のかかる大掛かりなことは、自分で研究費を取った後に取っておくことにして、より大掛かりな実験のための基礎的なデータを集めておこうという戦略を取ることにしたのでした。その一環として、これまで行ってきたPCR分析の結果を確認するために、同じサンプルを用いて、同じアッセイをもう一度繰り返すことによって、自分がタイプ分けにおいて食い違ってしまうような判断をしてしまった率（エラー率）を求め、自分が行ったPCR分析の結果をデータとしてより確かなものにすることなどに残りの時間を使うことにしました。
(2021年11月8日のポストを再掲）